Однажды в нашем мире открылся проход в чужую вселенную, сквозь который прорвались два существа, обладающие невероятной силой. Сражаясь, чудовища уничтожили друг друга, оставив после себя лишь таинственную колонну темной...

Мир изменился за 14 лет, прошедших со времени Третьего удара. Для Синдзи, который провел эти годы в коме, знакомство с новым миром после пробуждения оказывается очень болезненным. Ему предстоит увидеть, куда ведут...

Синдзи Икари потерял волю к жизни, но вскоре обретет новую надежду. Проект по совершенствованию человечества будет запущен, люди выйдут на новый эволюционный уровень, и случится Четвертый удар....